El mayor conocimiento de los hábitats y sus especies es otro de los objetivos fundamentales de la Ley. Se establece un Catálogo Estatal de Hábitats en Peligro para realizar planes de conservación y restauración de los mismos, y se refuerza la necesidad de elaborar planes de recuperación de las especies amenazadas. De esta manera, se marca un plazo de tres años para las catalogadas en peligro de extinción y cinco años para las vulnerables. Asimismo, se pondrá en marcha una Red de Bancos de Material Biológico y Genético y un Inventario Nacional de Bancos de Material Biológico y Genético de Especies Silvestres.
Por otra parte, se creará un Listado de Especies en Régimen de Protección Especial, que incorporará el actual Catálogo Nacional de Especies Amenazadas. También se desarrollará un Catálogo Nacional de Especies Exóticas Invasoras, las cuales no podrán poseerse, transportarse, traficarse y comercializarse, ni vivas ni muertas, y deberá realizarse una estrategia de control y posible erradicación.
La norma se arropa con varios instrumentos para lograr sus objetivos. Uno de ellos es la creación del Consejo Nacional para el Patrimonio Natural y la Biodiversidad, para potenciar la participación pública. Por su parte, el Ministerio de Medio Ambiente elaborará, con la colaboración de las comunidades autónomas y de las instituciones y organizaciones científicas, el Inventario del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad.
Asimismo, las diversas instituciones involucradas en su desarrollo deberán elaborar un Plan Estratégico Estatal de la Biodiversidad, siguiendo las pautas del Convenio de Biodiversidad de Río y de la legislación europea.
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